Si tramanda, infatti, la memoria di tre apparizioni dello Spirito celeste nelle quali Egli avrebbe manifestato inequivocabilmente al Santo Vescovo sipontino la sua volontà di aver scelto e consacrato quel luogo.
La prima, datata all'anno 490, è quella dai contorni più suggestivi e racconta di un ricco signore che, alla ricerca di un toro dei suoi armenti, smarritosi per quei gioghi impervi, lo trovò inginocchiato, issato inspiegabilmente su un dirupo inaccessibile, all'ingresso dell'immenso antro. Preso dall'ira, scoccò una freccia contro l'animale ribelle, ma questa, in modo miracoloso, anziché colpire il toro, ferì lui ad un piede.

Turbato dall'evento, egli si recò dal Vescovo, che, dopo aver ascoltato il racconto della straordinaria avventura, ordinò tre giorni di preghiere e di penitenza. Allo scadere del terzo giorno, gli apparve l'Arcangelo Michele che così parlò: "Io sono l'Arcangelo Michele e sto sempre alla presenza di Dio. La caverna è a me sacra, è una mia scelta; io stesso ne sono il vigile custode. Là dove si spalanca la roccia si perdonano i peccati degli uomini. Quel che sarà qui chiesto nella preghiera sarà esaudito. Và, perciò, sulla montagna e dedica la grotta al culto cristiano".

La seconda apparizione, invece, è legata ad una memorabile vittoria dei Sipontini ottenuta sui barbari invasori con l'aiuto dell' Arcangelo.

La terza si connette alla vera e propria apertura al culto della Grotta stessa con tutti i vescovi pugliesi che vi si recarono in processione e trovarono un altare già preparato, come preannunciato dall' Arcangelo allo stesso Lorenzo Mairano e, persino, l'impronta del suo piede sulla roccia.

Il Gargano è praticamente la propaggine più avanzata del suolo italiano verso l'oriente e, perciò, grazie anche alla fama acquisita per queste apparizioni, fu gelosa custodia dei Bizantini che tenevano sotto il loro dominio tutte le regioni costiere adriatiche, segnatamente quella a loro più vicina, cioè la Puglia.

In questa fase il Santuario era ben diverso da come ci appare oggi. All'immensa caverna si accedeva "in salita" dalla valle chiamata "di Carbonara", attraverso un porticato ed una galleria che sbucavano letteralmente nell'irregolare e profonda caverna.

San Michele, poi, secondo la liturgia orientale, più che come il grande guerriero fu venerato in questa fase come il guaritore delle malattie e colui che presenta le anime dei defunti al trono divino. Famosa la cosiddetta "stilla": un'acqua miracolosa che, secondo i racconti, stillava dalle rocce della caverna e guariva ogni sorta di mali.

La lunga lotta tra i Bizantini ed i Longobardi, oltre a procurare al Santuario saccheggi e devastazioni, si concluse con la vittoria proprio del fiero popolo venuto dal Nord che subito trovò nell' Arcangelo la figura ideale di dio guerriero protettore. Il Santuario divenne, perciò, il sacrario nazionale dei Longobardi, da essi curato ed abbellito e grazie ad essi incluso in quel circuito di pellegrinaggi che lo resero sempre più venerato e conosciuto, come è testimoniato da numerose iscrizioni sui muri degli ingressi, talune addirittura a carattere "runico", che era il sistema di scrittura dei popoli abitanti le regioni più a nord dell' Europa.

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Carlo d'Angiò, il vincitore degli Svevi per conto del papato, fu il grande devoto e benefattore del Santuario e, anche se la dominazione francese fu complessivamente negativa per l'Italia meridionale, nei riguardi della Basilica e della Città egli fu munifico e straordinariamente benevolo.
A lui si devono l'attuale sistemazione del Santuario (con un' ardita operazione che tagliava a metà la grotta, relegando nel sottosuolo gli antichi ingressi bizantino - longobardi) e l'accesso "in discesa" dal lato sud attraverso un' ampia scalinata segnata da grandi arcate laterali, anticamente sepolcreti di famiglie gentilizie del Gargano, che continuano anche nel cosiddetto atrio interno. La ristrutturazione angioina si completa con la grande navata praticamente addossata alla grotta, nel cui abside si trova l'altare barocco di fine Seicento per la custodia dell' Eucaristia.
A Carlo si deve ancora la costruzione, iniziata nel 1274, del grande campanile, eretto per ringraziamento della conquista dell' Italia meridionale, opera degli architetti Giordano e Maraldo di Monte Sant' Angelo, e che richiama straordinariamente le torri del federiciano Castel del Monte.
Né meno benevoli del re francese furono i suoi successori che portarono a compimento la sistemazione già iniziata. Nella Basilica fu battezzato re Carlo III di Durazzo, nato appunto nel castello di Monte Sant' Angelo.
Ed intanto continuavano i pellegrinaggi ma si perpetrarono anche diversi saccheggi e spoliazioni ad opera degli stessi regnanti o dei predatori Turchi che terrorizzavano le coste pugliesi e, talora, riuscirono a salire fino a Monte Sant' Angelo.
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In epoche più vicine, oltre a segnalare nel 1656 quella che concordemente viene chiamata la "Quarta apparizione" dell' Arcangelo all' Arcivescovo lucchese Alfonso Puccinelli, in seguito alla quale la Città e tutto il territorio sipontino furono liberati dalla peste, grazie alle pietre scheggiate dalla sacra Grotta, si deve notare l'ampliamento della Città arcangelica che diviene praticamente il più importante centro del Gargano ed i numerosi e continui arrivi di pellegrini e di visitatori illustri e sconosciuti.
Nel 1872 la Basilica fu definitivamente riconosciuta cappella palatina, cioè dipendente direttamente dall'autorità regale, ed i suoi sacerdoti ebbero il titolo di "cappellani della real casa", privilegio scomparso dopo il concordato del 1929.
Il prospetto dell' ingresso superiore con i due portali di entrata risale al 1865 ed è costituito da due arcate a sesto acuto, sormontate da un frontone triangolare ornato di fregi ed arcatelle. Al centro, in alto, tra due piccoli rosoni è stata collocata un'edicola con la statua di San Michele Arcangelo.
L'ingresso di sinistra è impreziosito da una porta di bronzo offerta in dono al Santuario nel 1994, in occasione del XV centenario delle apparizioni di San Michele sul Gargano. Opera dello scultore Michele Tiquino, originario di Monte Sant' Angelo, nei suoi pannelli riporta tutta la storia del Sacro Luogo, dalle origini fino al pellegrinaggio di Giovanni Paolo II, avvenuto nel 1987.
L'ultimo, terribile saccheggio del Santuario, ad opera dei Francesi di Murat, avvenne alla fine del 1700.
Nella seconda metà del secolo appena concluso, il Santuario ha vissuto ancora una fase molto intensa della sua vita, anche per la vicinanza con S. Giovanni Rotondo, luogo dove visse ed operò San Pio da Pietrelcina, devotissimo dell' Arcangelo al quale non mancava mai di inviare tutti i suoi figli spirituali, come avviene ancora oggi.
Nel 1949, ad opera dell' Arcidiacono del Capitolo mons. Nicola Quitadamo, ebbero inizio gli scavi che riportarono alla luce dopo secoli tutta la parte "sotterranea" più antica, legata all'epoca bizantino-longobarda.
Dal 1970 al 1996 il Santuario fu officiato dai monaci Benedettini ed attualmente dalla Congregazione di San Michele Arcangelo alla quale si deve, nel 1999, la costruzione della cappella penitenziale che accoglie elementi della antica roccia sui quali campeggia uno splendido crocifisso ligneo del XIV-XV sec.
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A quella che viene comunemente indicata come "Celeste Basilica", in quanto non consacrata dagli uomini, ma dallo stesso Arcangelo, con decreto ufficiale della Chiesa è stato concesso "per sempre" il privilegio del PERDONO ANGELICO. Dal 1997, infatti, i visitatori confessati e comunicati acquistano l'indulgenza plenaria recitando il Padre nostro e il Credo e pregando per il Papa.

PENITENZERIA